Nowatorska metoda wykrywania koronawirusa
Nowatorska metodologia bezpośredniej reakcji PCR do wykrywania koronawirusa opracowana przez firmę OMNI
Zespół Omni International opracował nową metodę bezpośredniej reakcji PCR do wykrywania koronawirusa w próbkach wymazów z jamy nosowo-gardłowej. W oparciu o wydajną i skuteczną lizę wirusów za pomocą Homogenizatora Bead Ruptor Elite, użytkownik może homogenizować 24 próbki w zaledwie 30 sekund i umieścić lizat bezpośrednio w reakcji RT-qPCR w celu wykrycia wirusa.
- Eliminuje tradycyjny etap ekstrakcji kwasu nukleinowego
- homogenizatory mechaniczne
- Oszczędza cenny czas i pieniądze
- Poprawiona czułość (> 96%) i 100% swoistość w porównaniu z tradycyjnymi metodami
Nowatorska dwuetapowa metoda bezpośredniej reakcji PCR do wykrywania wirusów z wymazów przy użyciu ludzkiego koronawirusa 229E
Obecnie jedną z najbardziej niezawodnych metod wykrywania infekcji wirusowych są testy oparte na łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR). Proces ten jest czasochłonny i wymaga dużej ilości zasobów oraz wielu etapów lizy, ekstrakcji, oczyszczania i procedur amplifikacji. Omni International opracowało metodę wykrywania wirusów z wymazów przy użyciu wyłącznie mechanicznej lizy opartej na pracy homogenizatora Bead Ruptor Elite i przeniesieniu lizatu wirusa bezpośrednio do testu PCR w celu jego wykrycia, oszczędzając czas potrzebny na etapy ekstrakcji i oczyszczania.
Metody
Wykorzystując ludzki koronawirus 229E (HCoV-229E) jako system modelowy, zostały pobrane wymazy in vitro w celu sprawdzenia koncepcji. Wymazy dodawano w seryjnych rozcieńczeniach od 1,2 × 106 do 1,2 × 101 kopii / ml, a następnie umieszczano w probówkach o pojemności 2 ml z pożywką do transportu wirusów (VTM), aby naśladować procedury pobierania próbek w klinice przed przetwarzaniem ich w procesie homogenizacji.
Po homogenizacji 1 μl lizatu poddano go następnie obróbce przy użyciu RT-qPCR do amplifikacji genu nukleokapsydu (N), kwalifikującego do wykrywania wirusa.
Wyniki
Wymazy z dodatkiem ludzkiego koronawirusa HCoV-229E in vitro poddano obróbce w nowatorskiej dwuetapowej metodologii bezpośredniej reakcji PCR do wykrywania wirusów.
Po przeanalizowaniu 54 wymazów zostało ustalone, że limit wykrywalności wynosi 1,2 × 103 kopii wirusa / ml z czułością 96,30%.
Wnioski
Podczas tego badania firma Omni International wykazała, że dwuetapowe procedury bezpośredniej reakcji PCR oparte na homogenizacji z wykorzystaniem Bead Ruptor Elite zapewniają wystarczającą lizę wirusa z wymazów, przy czym powstały lizat można zastosować bezpośrednio w reakcji PCR do wykrywania HCoV-229E.
Odkrycie to pozwala na redukcję czasu i zasobów wymaganych do wykrywania wirusów w oparciu o bezpośrednią reakcję PCR w porównaniu z tradycyjną metodologią.